Oprócz linii kolejowych o strategicznym znaczeniu dla państwa istnieją także te o znaczeniu regionalnym i lokalnym, dzięki którym mieszkańcy mniejszych miejscowości mogą dotrzeć do pracy, szkoły czy obiektów usługowo-handlowych, położonych w większej aglomeracji. Aby dojazd był szybki i wygodny, muszą być modernizowane tory. Nie jest to możliwe bez wsparcia samorządów, do których obowiązków należy m.in. zapewnienie sprawnej komunikacji swym wyborcom i zarazem podatnikom. To jeden z powodów, dla których władze samorządowe współpracują z PLK przy realizacji Regionalnych Programów Operacyjnych (RPO).
Od momentu rozpoczęcia prac nad RPO w 2006 r. PLK opowiadały się za udziałem samorządów we wdrażaniu tego programu. W oddziałach regionalnych przedstawiciele PLK dyskutowali z samorządami 16 województw o potrzebie współfinansowania rewitalizacji i modernizacji linii kolejowych. Zorganizowano szereg spotkań z udziałem reprezentantów różnych środowisk zainteresowanych poprawą stanu lokalnej infrastruktury kolejowej, w tym z marszałkami województw, przedstawicielami regionalnych i lokalnych organów administracji rządowej, samorządowej i gospodarczej oraz parlamentarzystami.
Ostatecznie współpracę zdecydowało się podjąć 10 województw. Na ich terenie przewidziana jest modernizacja ok. 1300 km linii kolejowych. Całkowita wartość wszystkich projektów uczestniczących w RPO wynosi ok. 1 913 360 000 zł (brutto), z czego ok. 855 307 000 zł (bez VAT) stanowić będą środki unijne, natomiast 1 058 053 000 zł (brutto) pochodzić będzie z budżetu krajowego.
Perspektywy rozwoju regionalnego transportu kolejowego najlepiej rysują się w tych województwach, w których inwestycje infrastruktury kolejowej RPO wyróżnił jako oddzielne działanie rozpisane na konkretne projekty.
Województwo wielkopolskie włączyło się w realizację dwóch projektów: modernizację linii kolejowej 356 Poznań Wschód-Bydgoszcz (na terenie województwa: Poznań Wschód-Wągrowiec) - całkowity koszt inwestycji wynosi ok. 182 512 000 zł, w tym ok. 115 713 000 zł stanowi wkład krajowy, oraz modernizację linii kolejowej 357 Sulechów-Luboń (Luboń-Wolsztyn) o wartości ok. 118 632 800 zł, z czego 75 083 800 zł stanowi wkład PLK pochodzący z krajowych środków publicznych.
Dla pierwszego z tych projektów, tj. Poznań-Wągrowiec, PLK opracowują obecnie studium wykonalności. Kolejnym etapem będzie przygotowanie dokumentacji projektowej. Urząd Wojewódzki bardzo pomaga w uzyskiwaniu wszelkich niezbędnych pozwoleń.
Procedura wdrażania RPO przewiduje, że wszędzie tam, gdzie beneficjentem środków unijnych będą PLK, podpisują one umowę wyłącznie z jednostką pilotującą, tj. z zarządem danego województwa. To zarząd ma się starać o pozyskanie stosownych uzgodnień i pozwoleń od gminnych i powiatowych jednostek samorządowych. Dzięki temu łatwiej i przede wszystkim szybciej będzie można zacząć działać.
Projekt Luboń-Wolsztyn również jest na etapie studialnym. PLK finansują 63% przedsięwzięcia w ramach krajowego wkładu środków publicznych, pozostałe 37% to wkład unijny przewidziany w RPO na tzw. 16 kategorię interwencji (czyli przeznaczoną dla transportu kolejowego). W oparciu o podobną zasadę finansowane są wszystkie pozostałe projekty RPO.